Universitas Muhammadiyah Surabaya pada awalnya terdiri atas beberapa lembaga pendidikan tinggi muhammadiyah, diantaranya Fakultas Ilmu Agama Jurusan Da’wah (FIAD) yang berdiri sejak 15 September 1964, Fakultas Tarbiyah Surabaya berdiri pada 1975, IKIP Muhammadiyah Surabaya berdiri pada 1980, Fakultas Syari’ah Surabaya berdiri pada 1982, dan Institut Teknologi Muhammadiyah Surabaya berdiri pada 1983.

Berdasarkan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No.:0141/0/1984, IKIP Muhammadiyah Surabaya, Institut Teknologi Muhammadiyah Surabaya, dan Universitas Muhammadiyah Gresik digabung menjadi satu dengan nama “UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH SURABAYA” yang selanjutnya disingkat menjadi UMSurabaya. Seluruh jurusan yang ada di ketiga lembaga tersebut berdasarkan SK Mendikbut RI No. : 0142/0/1984 di atas mendapat status TERDAFTAR.

Semula Universitas Muhammadiyah Surabaya terdiri atas tiga fakultas, yaitu Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan sebagai pengembangan dari IKIP Muhammadiyah Surabaya, Fakultas Teknik sebagai pengembangan dari Institut Teknologi Muhammadiyah Surabaya, dan Fakultas Ekonomi sebagai pengembangan dari Fakultas Ekonomi Universitas Muhammadiyah Gresik.
Pada tahun 1985, berdasar Surat Keputusan Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Jawa Timur No. : Kep/003-V/1985, Fakultas Da’wah (FIAD), Fakultas Tarbiyah dan Fakultas Syari’ah berinduk ke UMSurabaya, dan ketiganya tergabung dalam Fakultas Agama Islam (FAI).

Selanjutnya pada 1992 Pimpinan Pusat Muhammadiyah Majelis Pembina Kesehatan melalui Surat No.:IV.B/4.a/220/1992 tanggal 14 Desember 1992 mengajukan Permohonan Pendirian Pendidikan Ahli Madya Kesehatan di lingkungan Muhammadiyah/Aisyiyah kepada Sekretaris Jenderal Departemen Kesehatan RI. UMSurabaya termasuk salah satu yang diminta untuk membuka program pendidikan dimaksud. Berdasar SK Menteri Kesehatan RI No.: Hk.00.06.1.1.3331 tanggal 8 September 1993 secara resmi berdiri AKADEMI KEPERAWATAN (AKPER) di lingkungan UMSurabaya.