Universitas Muhammadiyah Surabaya (UMSurabaya) awalnya terdiri atas beberapa lembaga pendidikan tinggi yang sebelumnya sudah berdiri. Lembaga tersebut adalah pendidikan tinggi Agama Da’wah (FIAD) yang berdiri sejak 15 September 1964, Lembaga pendidikan tinggi Tarbiyah Surabaya berdiri tahun 1975, Institute Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Muhammadiyah Surabaya berdiri tahun 1980, Lembaga pendidikan tinggi Syari’ah Surabaya berdiri tahun 1982, dan Institut Teknologi Muhammadiyah Surabaya berdiri tahun 1983. Selanjutnya, berdasarkan surat keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 0141/0/1984, IKIP Muhammadiyah Surabaya, Institut Teknologi Muhammadiyah Surabaya, dan Fakultas Ekonomi Muhammadiyah Gresik digabung menjadi satu dengan nama ” Universitas Muhammadiyah Surabaya”. Fakultas yang ada adalah Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Fakultas Teknik, dan Fakultas Ekonomi. Pada tahun 1985, berdasarkan Surat Keputusan Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Jawa Timur No : Kep/003-V/1985, lembaga pendidikan tinggi Da’wah (FIAD), lembaga pendidikan tinggi Tarbiyah dan lembaga pendidikan tinggi Syari’ah tergabung dalam Fakultas Ilmu Agama Islam (FIAI) UMSurabaya.

Tanggal 14 Desember 1992, Pimpinan Pusat Muhammadiyah Majelis Pembina Kesehatan mengajukan permohonan pendirian pendidikan ahli madya keperawatan di lingkungan pendidikan tinggi Muhammadiyah/Aisyiyah kepada Sekretaris Jenderal Departemen Kesehatan Republik Indonesia(RI) dalam rangka berpartisipasi memenuhi kebutuhan tenaga Ahli Madya kesehatan. Sesuai dengan surat keputusan Menteri Kesehatan RI Nomer HK.00.06.1.1.3331 tanggal 8 September 1993 berdirilah beberapa Akademi Keperawatan (Akper) Muhammadiyah di Jawa Timur yaitu di Surabaya, Ponorogo, Malang dan Jember.

Selanjutnya, UMSurabaya sebagai mitra pemerintah yang bergerak di bidang pendidikan, berkomitment untuk ikut berpartisipasi dalam penyediaan sumber daya manusia (SDM) kesehatan yang handal, profesional serta memiliki kapabilitas. Maka, tahun 2000 mengajukan lagi ijin penyelenggaraan Akademi Analis Kesehatan ( AAK) Muhammadiyah dengan SK Nomor 184/D/O/2001.  Setelah berdiri dua Pendidikan Ahli Madya Kesehatan, UMSurabaya terus mengembangkan potensinya dengan mengajukan ijin pendirian Pendidikan baru. Dan berdasarkan rekomendasi dari Badan Pengembangan dan Pemberdayaan Sumber Daya Manusia (BPPSDM) Departemen Kesehatan RI No. HK.0312.4.1.03259 tanggal 24 Agustus 2005, hasil visitasi Pengurus Pusat Persatuan Perawat Nasional Indonesia (PPNI) Nomor 553/PP.PPNI/K/X/2005 tanggal 5 Oktober 2005 dengan nilai 93,90 dua Pendidikan Akademi Keperawatan dan Akademi Analis Kesehatan bergabung menjadi Fakultas Ilmu Kesehatan UMSurabaya dengan tambahan Program Studi iImu Keperawatan (SI)sesuai dengan ijin penyelenggaran yang dikeluarkan oleh Keputusan Dirjen Dikti No.277/D/T2006 tanggal 30 Januari 2006.

Dalam rangka menurunkan angka kematian ibu dan anak serta upaya peningkatan kualitas kesehatan  ibu dan anak, dengan mempertimbangkan masih tingginya kebutuhan tenaga bidan maka berdasarkan Keputusan Dirjen Dikti No. 006/D/T/2006 UMSurabaya diberikan ijin untuk menyelenggarakan Program Studi diploma Kebidanan.

Menjawab tuntutan masyarakat bahwa penyelenggaraana Pendidikan Kesehatan harus mempunyai kualitas dan mutu yang baik, maka tahun 2010 semua program studi di Fakultas Ilmu Kesehatan telah mendapatkan akreditasi dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) Departemen Pendidikan Nasional RI. Berdasarkan surat keputusan No. 021/BAN-PT/Ak-IX/DPL-III/IX/2009 status akreditasi D3 keperawatan adalah B, status akreditasi D3 Analis Kesehatan  adalah B (SK No. 017/BAN-PT/Ak-IX/DPL-III/VIII/2009), status akreditasi SI Keperawatan adalah B (SK No. 026/BAN-PT/AK-XII/SI/IX/2009), dan status akreditasi D3 Kebidanan adalah B (SK No.004/BAN-PT/Ak-X/Dpl-III/VI/2010).

Tahun 2015 akreditasi Pendidikan Kesehatan dilakukan oleh LAM-PTKES. Hasil akreditasi D3 Kebidanan adalah B (SK No. 0141/LAM-PTKES/AKR/DIP/XI/2015), prodi s1 keperawatan akreditasinya adalah B (SK No. 0750/LAM-PTKES/AKR/SAR/VIII/2016) dan Profesi Ners B (SK No. 0751/LAM-PTKES/AKR/PRO/VII/2016). Semakin berkembangkan Pendidikan dan anemo masyarakat, maka Fakultas Ilmu Kesehatan mempunyai kewajiban untuk meningkatkan mutu Pendidikan dengan melaksanakan reakreditasi program sturi di tahun 2020. Alhamdulillah dua program studi yang diajukan mendapatkan nilai UNGGUL, yaitu Program Studi D3 Keperawatan dan Program Studi D3 Tehnologi Laboratorium Medis.  Sesuai dengan surat keputusan No. 0203/LAMPTKES/AKR/DIP/X/2020 dan surat keputusan No. 0581/LAMP-TKES/Akr/Dip/XII/2020.

Semakin tinggi dan bervariasinya kebutuhan akan tenaga Kesehatan di masyarakat, membuat Fakultas Ilmu Kesehatan harus mempu menjawab tantangan yang ada dengan membuka program studi baru yaitu Prodi S1 Kebidanan tahun 2018 dan tahun 2019 membuka prodi S1 Farmasi serta pada tahun 2020 membuka kembali 2 program studi baru yaitu S1 Fisioterapi dan D4 Teknologi Laboratorium Medis. Sehingga di tahun 2021 ini Fakultas Ilmu Kesehatan UMSurabaya mempunyai 8 program Studi yaitu Prodi D3 Keperawatan, D3 Tehnologi Laboratorium Medis, S1 Keperawatan dan Profesi Ners, S1 Kebidanan, S1 Farmasi, S1 Fisioterapi dan D4 Tehnologi Laboratorium Medis.